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國立臺灣大學計算機及資訊網路中心

焦點新聞-2010

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材料科學與生命科學模擬軟體
  • 上版日期:2010-04-14

計資中心自2007年起,購入美商 Accelrys 所開發之材料暨生命科學模擬軟體,並安裝於計資中心高效能叢集伺服器,方便校內研究團隊進行大規模之平行運算。

材料科學模擬軟體 - Materials Studio (簡稱MS) 為多尺度模擬平台,可模擬數顆至數十萬顆原子,MS共含有26個計算模組,分為:
1. 量子力學 (Quantum Mechanics, 簡稱QM) 工具。
2. 分子力學 (Molecular Mechanics, 簡稱MM)工具。
3. 介尺度 (Mesoscale) 模擬工具。
4. 結晶分析工具。
5. 統計與回歸工具。
應用領域涵蓋:材料設計、化學反應機制、配方調整、晶體結構分析、酵素催化等。

生命科學模擬軟體 - Discovery Studio (簡稱DS) 共有31個模組,主要涵蓋:
1. 蛋白質模擬工具。
2. 生物分子對接 (Docking) 模擬工具。
3. 分子動力學 (Molecular Dynamics) 工具。
4. 量子與分子力學混成 (QM/MM) 工具。
5. 藥物設計工具。
6. 藥物代謝與毒性預測工具。
應用領域為:序列比對與分析、生物巨分子結構模擬、藥物篩選、新藥設計等。

MS與DS軟體具備相當直觀而流暢之操作介面,工作區域可繪製分子結構模型,並以下拉式選單指定參數、選取條件,亦可撰寫 script 組織客製化運算工作,為易學且非常彈性之軟體。目前共計有理、工、農、醫、電資、生科學院超過20個研究團隊申請並使用此軟體服務。如果校內師生同仁有興趣使用,歡迎與計資中心聯絡,安排軟體試用與帳號申請。

參考網站
1. Accelrys原廠網站 http://accelrys.com
2. 台灣代理商-分子視算股份有限公司 http://www.molsci.com.tw
3. 計資中心高效能運算服務 http://grid.ntu.edu.tw